Planuojama karinių poligonų plėtra Pietų Lietuvoje reikšminga dalimi persidengia su svarbiomis vakarinių kurtinių apgyvendintomis teritorijomis – maždaug 30% nacionalinės populiacijos gyvena Rūdninkų ir Kapčiamiesčio giriose.
Pietų Lietuvos regionas sudaro kurtinių metapopuliacijos branduolį, kuriame telkiasi iki 70 % visos nacionalinės populiacijos. Todėl bet koks reikšmingas kurtinio buveinių praradimas ar ilgalaikis jų trikdymas šiame regione turi neproporcingai didelį poveikį visos rūšies populiacijos būklei šalies mastu. Dėl planuojamų poligonų plėtros bus neigiamai paveiktos Rūdninkų ir Kapčiamiesčio girių kurtinių subpopuliacijos bei izoliuotos Čepkelių rezervato bei Dzūkijos nacionalinio parko subpopuliacijos.
Situaciją dar labiau apsunkina tai, kad Rūdninkų poligono plėtros metu numatyta kompensavimo gamtai teritorija dabar patenka į naujo karinio poligono plėtros zoną Kapčiamiesčio girioje. Tai reiškia, kad vienu metu paveikiamos ir esamos kurtiniais apgyvendintos buveinės Kapčiamiestyje, ir anksčiau įvardytos galimybės kompensuoti kurtiniams neigiamą Rūdninkų poligono poveikį Kapčiamiesčio girioje. Be to, viešai aptariami preliminarūs apsaugos sprendiniai Kapčiamiesčio poligone daugiausia orientuoti į kurtinių apsaugą tik veisimosi laikotarpiu, nors ši rūšis yra itin sėsli ir jautri trikdymui visus metus. Todėl įkūrus poligoną Kapčiamiesčio girioje ir vykstant pratyboms kitais metų laikais, šios rūšies geros būklės palaikymas būtų sunkiai įmanomas.
Atsižvelgiant į tai, kad vakarinių kurtinių populiacijos būklė Lietuvoje jau dabar vertinama kaip blogėjanti (2025 m. Europos Komisijai pateiktos Valstybinės saugomų teritorijų tarnybos ataskaitos duomenys rodo bendrą nacionalinės vakarinių kurtinių populiacijos būklės blogėjimą – ilgalaikėje tendencijoje sumažėjimas vertinamas -40 %), papildomas intensyvus trikdymas Pietų Lietuvoje kelia realią grėsmę visos nacionalinės populiacijos stabilumui.